Hola, que tal? Podrias probar agregar los siguientes archivos a la lista /opt/.filetool.lst:
etc/group
etc/nologin
etc/passwd
etc/rpmrc
etc/securetty
etc/usertty
etc/shadow
etc/shells
etc/motd
De esta manera se hara un backup de tus configuraciones de usarios y asi evitar que se borren al reiniciar.
Nota: No te olvides que el caracter "/" inicial no se coloca en esta lista.
Un saludo!